UNIXコマンドをCGIから使いたいのですが

bin
[               date            imail           sendmail        test
cat             echo            ls              sh
csh             httpd           rm              sleep

usr/bin
Mail            basename        mail            popauth         sort
awk             finger          perl            sed

これら以外に利用したいコマンドがある場合はサーバーのルートデレクトリの /bin, /usr/bin や /usr/local/bin からご自身のusr/bin等にシェル上でコピーしてインストールしてください。

例）nkfの場合
cp -p /usr/local/bin/nkf ~/usr/bin

コマンド類がどこにあるかは whichコマンド等で調べることができます。

なお、grepなど別途ライブラリもインストールすることが必要なコマンドはそれらのライブラリもインストールする必要があります。詳しくはこちらをご覧下さい。