cgi-bin以外のデレクトリでCGIを実行したいのですが

バーチャルサーバーはセットアップ時に最速安全な設定になっていますので、/cgi-bin/ 以外でCGIを使うにはコンフィグレーションを変更する必要があります。何通りかの設定方法がありますが、ここでは .htaccessを用いた例を以下に解説します。

www/conf/srm.conf
	#AddType application/x-httpd-cgi .cgi
	コメントになっている頭の＃を取る。
その上で、CGIを実行したいデレクトリに
Options ExecCGI

と書いた .htaccess を置きます(行末に改行が必要なことに注意してください)。

httpdサーバーのコンフィグレーションについてはNCSAのサイトが参考になります。

NCSA httpd http://hoohoo.ncsa.uiuc.edu/docs/setup/Configure.html
日本語訳 http://www.kandk.co.jp/html-memo/Server/httpd/config.html

なお、これらの設定を行うことでセキュリティレベルが低下することをご理解の上ご利用下さい。